O estuário do Rio Itajaí-Açú, ao longo do seu processo evolutivo moldou o ecossistema Saco da Fazenda, que apesar de exposto ao impacto antrópico causado pelo afluxo de esgotos domésticos e resíduos sólidos, abriga grande diversidade animal e atua como importante sítio de alimentação, proteção e repouso para bandos mistos de aves limícolas, marinhas costeiras e habitantes das bordas.
O Rio Itajaí Açu é muito bio-diversificado, várias espécies de peixes e aves nadam e sobrevoam as águas do Rio Itajaí Açu, além disso bandos de capivaras andam pelas margens do rio, claramente visíveis, fáceis de achar e também “migrando” de outras cidades para esse rio. Como dito, o rio está muito poluído, mas há várias espécies de peixes que vivem nessas condições, um deles, bem conhecido, é a tainha, que “migra” também para esse rio nos meses de Junho, Julho, e começo de Agosto.
O Saco da Fazenda é uma das mais importantes áreas de procriação de todo Médio Vale do Itajaí. Camarões, siris, lagostas e uma variedade de peixes buscam refúgio para desovarem no Mangueiral, dando assim continuidade a suas espécies. Pelicanos, garças, gaivotas e outras aves procuram alimento e, arrematam com vôo suave e rasante, além de uma linda e ampla vista panorâmica, desde a cidade, passando pelo Porto e Terminal Pesqueiro até a paisagem inusitada do molhe, uma série de peixes, como juvenis de tainha (tainhotas), bagres, manjubas e siris.
Deve-se ressaltar que, em todo o litoral de Santa Catarina, nos costões, rios e baias, são encontrados muitos peixes e, as principais espécies encontradas por aqui, são: robalos, anchova, garoupa, badejo, espada, para-terra, corvina, bagre, pargo, pampo, etc ...
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